Das von der Südostbayernbahn betriebene Liniennetz hat eine Länge von 527 Kilometern, die Züge fahren dabei über das eigene Netz hinaus auch bis München und Salzburg und legen jährlich knapp 5 Millionen Zugkilometer zurück.

In der Südostbayernbahn sind die verschiedenen Bereiche der Eisenbahn - Infrastruktur, Stationen, Betrieb, Service und Verkauf - unter einem Dach zusammengefasst. Die Südostbayernbahn ist eines von fünf "RegioNetzen" und verfügt als solches über eine flexible, mittelständische Struktur. Speziell für den Bahnverkehr auf Nebenstrecken in ländlich strukturierten Gegenden werden dabei neue Wege beim Management sowie in der Instandhaltung und Modernisierung der Gleisanlagen eingeschlagen.

Trotz der stärkeren Selbständigkeit bleibt die Südostbayernbahn Teil des Deutsche Bahn Konzerns. Das bedeutet, dass die günstigen Angebote der DB AG, wie zum Beispiel das Schönes-Wochenende-Ticket, das Bayern-Ticket, das Bayern-Ticket Single und Bayern-Ticket Nacht sowie das Regio-Ticket Bayern auch bei der Südostbayernbahn Gültigkeit haben. Darüber hinaus bietet die Südostbayernbahn zwei eigene Ticketangebote an: das Südostbayern-Ticket, für den gesamten südostbayerischen Raum, und das Traun-Alz-Ticket, für die Strecken rund um Traunstein.